La Secrétaire générale assure un lien direct entre les instances et le dispositif opérationnel de la Francophonie. La Charte de la Francophonie la désigne comme la "clé de voûte du dispositif institutionnel de la Francophonie".

Louise Mushikiwabo a été élue à ce poste lors du XVIIe Sommet de la Francophonie, en octobre 2018, à Erevan. Elle a pris ses fonctions en janvier 2019.

La Secrétaire générale est responsable du secrétariat des sessions des instances de la Francophonie, préside le Conseil permanent de la Francophonie (CPF) qu’elle réunit, et siège de droit à la Conférence ministérielle de la Francophonie (CMF). La Secrétaire générale est élue pour quatre ans par les chefs d’État et de gouvernement. Son mandat peut être renouvelé.

La Secrétaire générale dirige l’Organisation internationale de la Francophonie (OIF) dont elle est la représentante légale. Elle nomme l’Administrateur de l’OIF qui exerce ses fonctions par délégation. L’OIF est le pivot du système multilatéral francophone, associant le pouvoir d’initiative politique de la Secrétaire générale aux actions de coopération.

La Secrétaire générale conduit l’action politique de la Francophonie, dont elle est la porte-parole et la représentante officielle au niveau international.

Dans le domaine de la coopération, elle est responsable de l’animation de la coopération multilatérale francophone et préside à ce titre le Conseil de coopération qui regroupe l’Administratrice de l’OIF et les responsables de l’Assemblée parlementaire de la Francophonie (APF) et des opérateurs spécialisés (AUF, TV5MONDE, AIMF, Université Senghor). La Secrétaire générale est représentée dans les instances des opérateurs.

La Secrétaire générale propose la répartition du Fonds multilatéral unique et ordonne son affectation.